江西鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区位于鄱阳湖主湖区南部，为赣江北支、中支和南支汇入鄱阳湖开放水域冲积形成的三角洲前沿地带，行政上隶属南昌市新建县南矶乡，距南昌市城区约60千米。保护区地理坐标为东经116°10′24″～116°23′50″，北纬28°52′21″～29°06′46″，总面积33300公顷，属内陆湿地与水域生态系统类型自然保护区，其中核心区面积17500公顷，缓冲区面积5500公顷，实验区面积10300公顷。保护区于1997年经江西省人民政府批准为省级自然保护区，2008年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

鄱阳湖南矶湿地自然保护区处于鄱阳湖地质区域中心沉降区，是不断发育的各古河流水系的汇聚中心，大体上以鄱阳湖南矶、康山等地为中心，构成了广阔的冲积—洪泛平原。保护区地貌状态为湖泊和岛屿，湖泊地貌可分为赣江三角洲、湖湾、湖底平原三个亚类。南矶是南山岛与矶山岛的统称，均为堆积岛屿。丰水期，水域占98.8%，岛屿仅占1.2%；枯水期，水域为35.3%，草洲泥滩以及岛屿占64.7%。保护区属亚热带湿润季风型气候，温暖多雨，无霜期长，四季分明。保护区处在鄱阳湖风速高值区，多年平均风速3.8米/秒，风能成为保护区可利用的宝贵自然资源。保护区内河道数目众多，由于冲淤作用使得河道形态处于进一步的发育和变化中。保护区是鄱阳湖湖流最缓慢的区域，部分湖湾为静水，湖流主要表现为重力型湖流。

鄱阳湖南矶湿地自然保护区主要保护对象为典型且完整的内陆湖泊及河口三角洲湿地生态系统、国家重点保护的珍稀水鸟及其栖息地、长江中下游洄游性鱼类的重要回游通道。经科考调查统计，保护区内共有维管束植物115科304属443种，其中蕨类植物11科11属12种，裸子植物5科10属11种，被子植物99科283属420种。保护区内共有脊椎动物32目86科319种，其中哺乳动物7目12科22种，两栖类1目5科11种，爬行类3目10科23种，鸟类15目45科205种，鱼类6目14科58种。另外还有底栖动物8科62种，水生昆虫11目40科168种。国家重点保护野生动物有白鹤、白头鹤、黑鹳、东方白鹳等共31种。