甘肃莲花山国家级自然保护区位于甘肃南部，地处临夏回族自治州、甘南藏族自治州、定西市的康乐、临潭、卓尼、渭源、临洮五县交界处。保护区地理坐标为东经103°39′59″～103°50′26″，北纬34°54′17″～35°01′43″，总面积11691公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积3506公顷，缓冲区面积3312公顷，实验区面积4873公顷。保护区始建于1983年，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

莲花山保护区主体由莲花山及山间谷地组成。莲花山属陇南山地与陇西黄土高原的过渡带，主要地貌类型有构造侵蚀地貌和河谷阶地地貌。地形复杂，沟谷交错，海拔2090～3578米之间。保护区内陆中纬地带，西秦岭西端，黄土高原向青藏高原的过渡地带，地势较高，形成复杂的气候特征，寒冷、阴湿、四季不分明，降水东北多西南少，旱涝雹冻频繁，具有长冬无夏、春秋相连、冬长冬冷而不寒、春季回暖慢、秋季降温快、冬干秋湿的高原气候特色。保护区地处洮河、冶木河汇流的三角地带，是黄河与长江两大水系的分水岭和一些支流的发源地。保护区的水系属于黄河水系，主要支流就是洮河。区内地表水和地下水都相当丰富。

莲花山自然保护区主要保护对象为森林生态系统及其生物多样性。据调查统计，保护区有种子植物94科346属745种。国家一级重点保护野生植物有紫斑牡丹等，国家二级重点保护野生植物有红花绿绒蒿、秦岭冷杉、水曲柳、野大豆、桃儿七等。保护区内记录有兽类6目17科35属45种，鸟类14目36科168种，两栖动物2目4科4属4种，爬行动物1目2科2属2种，鱼类1目2科5种。国家一级重点保护野生动物有豹、林麝、斑尾榛鸡、金雕、四川林鸮、豺等，国家二级重点保护野生动物有兔狲、猞猁、蓝马鸡、血雉等。保护区内现有大型真菌记录4目19科37属69种。