甘肃太子山国家级自然保护区位于临夏回族自治州和甘南藏族自治州之间，全区呈狭长形，分为东、西两片。保护区地理坐标为东经102°43′～103°42′，北纬35°02′～35°36′，总面积84700公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积26792公顷，缓冲区面积32982公顷，实验区面积24926公顷。保护区前身为1965年建立的太子山林业总场，2005年经甘肃省人民政府批准确认为省级自然保护区，2012年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

太子山自然保护区主体由太子山及山间谷地组成。太子山在综合自然区划上属于甘南山地高原区，是青藏高原的东北边缘山地，北麓连接黄土高原，东部逐渐向陇南山地过渡。区内地形复杂，群峰耸列，河谷纵横，海拔2200～4636米，最高峰达里加山。保护区地处温带，属大陆性季风气候。受地形影响，气候水平和垂直变化显著，总的特点是寒冷阴湿多雨，四季不分明，无霜期短，热量不足，具有夏凉夏短，冬长冬冷，春季回暖慢，秋季降温快，冬干秋湿的特点。保护区地表水和地下水相当丰富，发源于太子山林区的大小河（溪）流近200条，汇集成洮河、大夏河的主要支流。

太子山自然保护区主要保护对象为青藏高原与黄土高原过渡地带森林生态系统及其生物多样性和林麝、豹、珍稀鸟类等濒危动物及其栖息地。经统计，保护区有大型真菌8目19科61种，有维管植物95科358属838种33变种1亚种3变型，其中蕨类植物有11科19属35种（含变种），裸子植物3科8属18种，被子植物81科331属785种33变种1亚种3变型，国家一级重点保护野生植物紫斑牡丹等，国家二级重点保护野生植物桃儿七、红花绿绒蒿、羽叶点地梅等。保护区内共有脊椎动物25目59科208种，其中兽类6目18科60种，鸟类14目33科130种，两栖类2目4科5种，爬行类2目2科3种，鱼类1目2科10种。已查明的昆虫有13目131科507属682种。国家一级重点保护野生动物有雪豹、林麝、金雕、白肩雕、斑尾榛鸡、四川林鸮等，国家二级重点保护野生动物有猞猁、兔狲、黑熊、黑鸢、雀鹰、凤头蜂鹰等。