甘肃小陇山国家级自然保护区位于甘肃省陇南市徽县和两当县的交界处，地处秦岭山脉的西段。保护区地理坐标为东经106°13′10″～106°33′06″，北纬33°35′12″～33°45′11″，总面积31938公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积12123公顷，缓冲区面积9834.4公顷，实验区面积9980.6公顷。1982年经甘肃省人民政府批准建立头二三滩省级自然保护区，2006年经国务院批准晋升为国家级自然保护区，并更名为小陇山自然保护区。

小陇山自然保护区属深切割地垒式中山地貌。断裂发育，褶皱强烈，形成群山起伏，层峦叠嶂，峡谷幽深的复杂地貌。河谷多为“V”形谷，山顶平缓，因溶蚀作用，出现大面积喀斯特漏斗或溶洞。海拔多在2200～2500米之间，最高峰棺材顶，海拔2531.3米。保护区地处亚热带湿润气候区向暖温带过渡地区，为典型的大陆性季风气候，四季分明，冬季寒冷干燥，夏季温和多雨，春季气候变化较剧烈，秋季则较平缓。小陇山水系基本属于长江流域嘉陵江水系，区内有嘉陵江及其支流东沟河、瓦窑沟、云坪河、陈家沟等，水系呈辐射状分布，最后向西和西北汇集，注入嘉陵江。东南很少一部分区域属于汉水水系，仅有金坝河一条河流。

小陇山自然保护区主要保护对象为温暖带-亚热带过渡地区原始森林生态系统及羚牛等珍稀濒危物种。保护区内分布有脊椎动物31目78科325种，其中鱼类4目6科15属18种，两栖类2目7科12种，爬行类2目6科17属24种，鸟类16目39科205种，兽类7目20科66种。保护区内昆虫数量繁多，共计14目153科1611种。国家一级重点保护野生动物有金雕、豹、大灵猫、林麝、秦岭羚牛等，国家二级重点保护野生动物有松雀鹰、勺鸡、领鸺鹠、猕猴、水獭、大鲵等。保护区内野生植物资源相当丰富，已查明的维管束植物有138科590属1314种，其中蕨类植物15科29属56种，裸子植物6科12属18种，被子植物117科549属1240种。国家一级重点保护野生植物有红豆杉、银杏，国家二级重点保护野生植物有秦岭冷杉、大果青扦、厚朴、巴山榧树等。