西藏芒康滇金丝猴国家级自然保护区位于西藏最东端的芒康县境内。保护区地理坐标为东经98°20′～98°59′，北纬28°48′～29°40′，总面积185300公顷，属野生动物类型自然保护区，其中核心区面积87090公顷，缓冲区面积45770公顷，实验区面积52440公顷。保护区始建于1993年，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

芒康滇金丝猴自然保护区大地形属于我国西南地槽区的横断山脉中部，云岭北端芒康山脉，是由西边澜沧江与东边呷托河夹持的一条由北向南延伸的山脉。主山脊海拔均在4500米以上，最高山峰阿弄海拔5450米，河谷地区海拔仅有2300～3000米。山高、谷狭、坡陡，高山峡谷相间是该地区典型的地貌特点。受西南季风影响，保护区冬季气候温暖、干燥。夏季，来自印度洋孟加拉湾的西南季风暖湿气流和来自太平洋的东南季风暖湿气流辐合影响，形成了温暖、湿润的气候。保护区内年降水和温度分布极不均匀，具有典型的山地气候特点，“一山显四季”“十里不同天”乃是区内气候的真实写照。保护区西有澜沧江，东有金沙江的支流呷托河，两水系有很多分支细流深入保护区内，主要支流有曲海、下勒、哈同龙等。

芒康滇金丝猴自然保护区主要保护对象是滇金丝猴等珍稀动物及其栖息环境。滇金丝猴是中国特有的珍稀濒危灵长类动物，仅分布于金沙江和澜沧江之间狭长的云岭山脉主峰两侧的高山深谷地带中，数量稀少且呈岛屿化分布。据调查，保护区内发现脊椎动物19目39科158种，其中两栖爬行类2目4科6种，鸟类11目21科95种，哺乳动物6目14科57种。国家一级重点保护野生动物有滇金丝猴、云豹、雪豹、白唇鹿、马麝、斑尾榛鸡、黑鹳等，国家二级重点保护野生动物有藏酋猴、猕猴、小熊猫、藏雪鸡等。保护区有维管束植物79科235属447种，其中蕨类植物4科4属4种，裸子植物4科7属14种，被子植物71科224属429种。国家一级重点保护野生植物有云南红豆杉。