西藏色林错黑颈鹤国家级自然保护区位于西藏自治区北部的藏北高原，地跨那曲地区的那曲县、安多县、班戈县、申扎县、双湖区、尼玛县，分为东区和西区两大块，地理坐标为东经87°46′～91°48′，北纬30°10′～32°10′。保护区总面积1893630公顷，其中核心区面积713920公顷，缓冲区面积829160公顷，实验区面积350550公顷，属野生动物类型自然保护区。保护区前身为申扎黑颈鹤自治区级自然保护区，成立于1993年，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

色林错黑颈鹤自然保护区西区的宏观地貌格局是以位于其南缘的冈底斯山脉为其骨架，山脉北部的断陷湖盆与低山丘陵组成的波状起伏的南羌塘高原面为其主体，同时还包括了大小湖泊或沼泽湿地近10处。位于保护区境内的冈底斯山脉属其东段，主脊平均海拔高度5000～5500米，最高峰海拔6448米。位于南羌塘湖盆区的主体部分基底海拔在4500米左右，其北部沿班公错—色林错深大断裂，发育有一列呈东西走向的串珠状湖泊。保护区东区处于唐古拉山和念青唐古拉山脉之间，境内地势较高，平均海拔4500～5000米。由于地处河流上源，受到的侵蚀作用较弱，高原面保留完整，起伏平缓，以低山宽谷和湖盆地貌为特点。保护区西区位于西藏高原亚高寒带季风半干旱气候区内，气候寒冷干燥，年平均气温在0℃以下，年降水量仅有300～400mm。东区年平均气温-3～0℃，年降水量350～420mm。保护区水系可分为内流与外流两个区域。西区为内流水系区，短小的内流河多呈向心状汇集到大小盆地的底部形成星罗棋布的湖泊群，其中色林错总流域面积达45530km2，是西藏最大的内陆湖水系；东区为外流水系区，怒江源头的那曲及其主要支流发源或流经保护区。

色林错黑颈鹤自然保护区以黑颈鹤及其栖息的湿地生态系统为主要保护对象。黑颈鹤是世界上现存15种鹤类中最为珍稀的种类，也是所有鹤类中唯一以高原为主要栖息地的种类。据统计，保护区内有兽类10科23种，鸟类25科92种，两栖类1科1种，爬行类2科3种，鱼类2科8种。国家一级重点保护野生动物有黑颈鹤、雪豹、藏羚、胡兀鹫、玉带海雕等，国家二级重点保护野生动物有猞猁、兔狲、藏原羚、藏雪鸡等。保护区内有种子植物39科376种，其中包括许多珍稀、濒危及高原特有植物物种，如：西藏沙棘、掌叶大黄、马尿泡、合头菊等。