西藏雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区地跨西藏“一江两河”流域大片河谷湿地、农田和羊卓雍错湖泊湿地，涉及日喀则、山南、拉萨三市的10个县（区），由日喀则片区、拉萨片区和山南片区三部分组成。保护区地理坐标为东经87°34′29″～91°53′22″，北纬28°40′50″～29°59′34″，总面积614350公顷，属野生动物类型自然保护区，其中核心区面积134875公顷，缓冲区面积207225公顷，实验区面积272250公顷。保护区始建于1993年，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

在地貌区划上，雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤自然保护区属于藏南高山湖盆宽谷区，中心位于“一江两河”流域宽谷地带，平均海拔4000米左右，地貌类型基本属于雅鲁藏布江中游山原宽谷地貌和藏南山原湖盆地貌类型。按西藏气候区划，保护区主要分布于高原温带季风半湿润气候区。区内年平均气温0～8℃，年温差小而日温差大；年均降水量在300～500mm，雨热同季，降水集中分布于夏季，夜雨率高，旱季长。保护区内河流、湖泊水系发达，水源补给以高山冰雪融水为主。保护区所在的雅鲁藏布江两岸支流众多，76km以上的支流就有21条，流经保护区境内的主要支流有拉萨河、年楚河、多雄藏布、下布曲和香曲等。区内羊卓雍措位于雅鲁藏布江南岸，是喜马拉雅山北麓最大的内陆湖泊，湖面海拔4442米，湖水面积649km2，最深处达59米。

雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤自然保护区主要保护世界珍稀濒危鸟类黑颈鹤及其越冬栖息的湿地生态系统。根据西藏自治区林业厅及科技厅2000～2014年的科研监测表明，世界上80%的黑颈鹤约8000只左右生活在西藏，其越冬地则主要分布在“一江两河”谷地区域，每年在此越冬的黑颈鹤种群约6000只，且分布范围非常大。保护区内河流、湖泊等视野开阔的浅水区域和江心岛是黑颈鹤安全的夜宿地，广阔的沼泽、草地和大面积的农地是黑颈鹤优良的觅食区。

经初步调查，雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤自然保护区内共有脊椎动物169种，其中两栖类1种，爬行类3种，鸟类123种，哺乳类23种，鱼类19种。国家一级重点保护野生动物有黑颈鹤、雪豹、白唇鹿、金雕、白尾海雕等，国家二级重点保护野生动物有水獭、藏原羚、大鵟、藏马鸡、灰鹤等。据现地调查及有关资料统计，保护区内共有高等植物59科187属388种，其中蕨类植物5科11属18种，裸子植物2科2属5种，被子植物52科174属365种。