云南文山国家级自然保护区位于滇东南文山壮族苗族自治州的文山市和西畴县境内，地域上分为老君山片区和小桥沟片区两部分。老君山片地理坐标为东经103°53′～104°10′，北纬23°16′～23°25′，小桥沟片地理坐标为104°41′～104°52′，北纬23°21′～23°24′。保护区总面积26867公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积10304.62公顷，缓冲区面积7793.48公顷，实验区面积8768.9公顷。保护区始建于1980年，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

文山自然保护区地貌类型复杂，主要类型有中山山地、溶蚀丘陵、断陷溶蚀盆地、喀斯特各类微地貌侵蚀和溶蚀河谷。区内最高海拔2991.2米（薄竹山），最低海拔1200米（上董定）。西片的老君山、薄竹山等山体高大陡峻，是一片由花岗岩所组成的中山山地。小桥沟一带以溶丘、峰林为主，海拔高度低于2000米，山间河谷也较开阔，谷坡和缓；在以石灰岩为主的中山上，各类喀斯特微地貌发育。保护区气候属亚热带季风气候区，低纬度海洋性气候明显，表现出冬无严寒，夏热潮湿，雨热同步的特点。老君山片区具有气温高、雨量多、湿度大的特点，小桥沟片区属亚热带低纬山地季风气候区，冬无严寒，夏无酷热，温湿多雨，干雨季分明。保护区内河流较多，且多为短小的山间溪流，分别注入盘龙河和那么果河，均属红河水系，是红河下段的较大支流。保护区及附近地带地下水的产水量较丰富。中、西部地带地下水埋藏较浅，小型泉点多，又多温泉；东部、东南部因石灰岩分布广泛，地下水埋藏深，泉水出露点少，仅在谷底或坝子边缘出露大型涌泉（龙潭水）。

文山自然保护区主要保护以华盖木为代表的木兰科植物、以兜兰属植物为代表的兰科植物以及南亚热带季风常绿阔叶林和山地苔藓常绿阔叶林等类型的森林生态系统。据科考调查统计，保护区有维管束植物229科1059属3419种，其中蕨类植物41科99属277种，裸子植物6科9属22种，被子植物182科951属3120种。国家一级重点保护野生植物有华盖木、南方红豆杉、红豆杉等，国家二级重点保护野生植物有云南穗花杉、伯乐树、长蕊木兰、云南拟单性木兰等。保护区内已知各类野生动物共计6纲42目181科475属707种，其中两栖纲42种，爬行纲50种，鸟纲247种，哺乳纲86种，鱼纲60种，昆虫纲222种。国家一级重点保护野生动物有蜂猴、倭蜂猴、云豹、林麝等，国家二级重点保护野生动物有熊猴、短尾猴、黄喉貂、巨松鼠等。