云南药山国家级自然保护区位于云南省昭通市巧家县境内北部。保护区由互不相连的药山和杨家湾两片组成，药山片区范围在东经102°57′47″～103°10′13″，北纬27°08′54″～27°25′25″之间，杨家湾片区在东经102°59′59″～103°01′33″，北纬26°50′38″～26°53′47″之间。保护区总面积20141公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积8033公顷，缓冲区面积7211公顷，实验区面积4897公顷。1984年经云南省人民政府批准建立省级自然保护区，2005年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

药山自然保护区在云南地貌区划上属“滇东北中山山原亚区”，其西、北、东三面为深切的金沙江及其支流牛栏江峡谷所环绕，中部是高大山体——药山。地势中间高周边低，主峰轿顶山海拔4041.5米，最低点在金沙江与牛栏江交汇处，海拔517米，高差达3524.5米。区域地貌系深切割的高、中山及峡谷类型。保护区总的来说是属于我国西部型的低纬山原季风气候，有着四季温差小，日温差大，干湿季分明等特点。从全区气温上看，从金沙江河谷到药山山顶，分布有南亚热带、中北亚热带、暖温带、温带和寒温带等六种性质的气候类型。区内河流均属于金沙江水系，10多条大小河流呈放射状自药山分流而下汇入干流金沙江和主要支流牛栏江，牛栏江在保护区北部的棉花地也汇入金沙江。保护区湖泊主要是药山顶部的冰蚀湖，大小湖泊总数100多个，规模差异大，只有约10个规模较大的湖泊常年不干，小湖泊在旱季干枯见底，出现冻土遗迹。

药山自然保护区以原生而典型的具有我国东部与西部植物区系过渡性质的常绿阔叶林森林生态系统、原生状态高海拔地区的沼泽化草甸湿地生态系统及珍稀野生动植物资源为主要保护对象。据科考调查统计，保护区分布有高等植物191科68属1406种，其中蕨类植物31科66属172种4变种，裸子植物7科14属17种，被子植物153科600属1217种。保护区因盛产中药材而闻名，野生药用资源十分丰富，现有189科600属856种。国家一级重点保护野生植物有巧家五针松、南方红豆杉、珙桐、攀枝花苏铁等，国家二级重点保护野生植物有篦子三尖杉、水青树、连香树、红椿、香果树等。保护区分布有野生陆生脊椎动物有4纲31目79科261种，其中两栖类动物2目7科13种，爬行动物3目7科20种，鸟类17目43科164种，兽类9目22科64种。国家一级重点保护野生动物有黑颈鹤、穿山甲、豹、金猫、豺等，国家二级重点保护野生动物有黑熊、猕猴、水獭、红腹角雉、红瘰疣螈等。