该区主要保护对象是大熊猫、川金丝猴、珙桐等珍稀野生动植物及其自然生态环境为主。区内已知有维管束植物107科429种，其中蕨类植物12科22种，裸子植物4科12种，被子植物91科395种。国家重点保护的植物有珙桐、光叶珙桐、红豆杉、独叶草、连香树、水青树等。区内野生动物资源也十分丰富，有脊椎动物380种，其中，国家一级重点保护野生动物有大熊猫、川金丝猴、云豹、豹、雪豹、白唇鹿、扭角羚、林麝、马麝、黑鹳、绿尾虹雉、胡兀鹫、雉鹑等13种；国家二级重点保护野生动物有水鹿、小熊猫、血雉周边的卧龙、黑水河、喇叭河三个自然保护区，形成一个保护型铁三角，蜂桶寨国家级自然保护区处在铁三角的中心地带，是邛崃山系大熊猫栖息地关键性的走廊带，对连接邛崃山系的大熊猫栖息地，促进大熊猫种群间基因交换具有十分重要的作用。等33种，具有很高的保护价值。

周边的卧龙、黑水河、喇叭河三个自然保护区，形成一个保护型铁三角，蜂桶寨国家级自然保护区处在铁三角的中心地带，是邛崃山系大熊猫栖息地关键性的走廊带，对连接邛崃山系的大熊猫栖息地，促进大熊猫种群间基因交换具有十分重要的作用。