四川长沙贡玛国家级自然保护区位于四川省甘孜藏族自治州石渠县北部，地理坐标为东经97°22′12″～98°39′36″，北纬33°18′00″～34°12′36″，总面积669800公顷，属湿地和野生动物类型自然保护区，其中核心区面积323258.6公顷，缓冲区面积123067.1公顷，实验区面积223474.3公顷。保护区始建于1997年，2009年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

长沙贡玛自然保护区地处青藏高原东南缘，是青藏高原主体的一部分，呈高原宽谷剥蚀地貌，区内主要山脉是巴颜喀拉山脉，它呈弧形绵延于保护区北部，是雅砻江、黄河的重要发源地，山脊绵延起伏于海拔5000～5300米之间。保护区整体地势由西北向东南逐渐倾斜，其特征为中山窄谷向低丘宽谷过渡，逐渐走向开阔平坦，形成巨大的槽谷地貌。保护区位于北亚热带气候区，由于深居内陆和地形的大幅度抬升，而具有典型的季风高原型气候特点，日照充足，冷季漫长，暖季较短，无绝对无霜期，干湿季分明，降雨多集中在夏半年（5～10月份）。保护区内河流水系极多，呈树枝或羽状密布，除北部与青海省接壤的查曲河流域属黄河水系外，其余均属长江水系。流域面积大于500km2的一、二级支流有9条，还有众多小支流和溪流，主要河流是雅砻江和黄河一级支流查曲河，主要支流有洋涌、麻母河和查涌。

长沙贡玛自然保护区以高寒湿地生态系统和藏野驴、野牦牛、黑颈鹤等珍稀野生动物为主要保护对象。保护区内湿地生态系统非常完整，草甸和灌丛保存完好，高原湖泊数量众多，野生动物资源十分丰富，据统计，保护区内共有脊椎动物208种，其中兽类6目16科44种，鸟类15目37科94属155种，两栖类1目2科3属3种，鱼类1目2科4属6种。国家一级重点保护野生动物有藏野驴、白唇鹿、马麝、雪豹、玉带海雕等，国家二级重点保护野生动物有藏原羚、岩羊、石貂、兔狲、白马鸡等。保护区有维管束植物共计47科165属441种，其中蕨类植物4科5种，被子植物43科160属436种（双子叶植物35科128属333种，单子叶植物8科32属103种）。菌类7科24种。国家二级重点保护野生植物有红花绿绒蒿等。