广东内伶仃岛—福田国家级自然保护区地处广东省南部，珠江河口的东侧，由内伶仃岛和福田红树林两个区域组成，内伶仃岛区域地理坐标为东经113°47′～113°49′，北纬22°24′～22°26′，福田红树林区域地理坐标为东经113°45′，北纬22°32′。保护区总面积921.64公顷，属森林和野生动物类型自然保护区，其中核心区面积300公顷（内伶仃岛区域177.8公顷，福田红树林区域122.2公顷），缓冲区面积309.68公顷（内伶仃岛区域193.1公顷，福田红树林区域116.58公顷），实验区面积306.36公顷（内伶仃岛区域183.1公顷，福田红树林区域123.26公顷），另有办公和科研展览区5.6公顷（福田红树林区域）。内伶仃岛-福田保护区始建于1984年，1988年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

内伶仃岛是一个大陆型的岛屿，也是一个丘陵海岸基岩岛，地势东高西低，最高的尖峰山海拔340.9米；海拔200米以上的山峰有南峰坳和东角山，其余山丘大部分在海拔100米以下，岛内地势起伏较大。福田红树林地处深圳湾河口西北侧，与河口南侧香港米埔红树林共同形成一个半封闭的、且与外海直接相连的沿岸水体，并具河口和海湾的性质，主要地貌类型有：冲积平原、沿海沙堤、红树林滩涂、泥质光滩涂、滩涂潮沟水道等类型。福田红树林区域属东亚季风区，南亚热带海洋性季风气候区，内伶仃岛因四面临海，其气温较福田红树林稍低。保护区整体气候特点表现为：春季短，暖空气逐渐加强，出现阴雨；夏季长，无酷暑；秋高气爽；冬季短，偶有寒潮。内伶仃岛上淡水水源较为充足，地表径流露出于水湾、东湾、蕉坑湾、东角嘴等6处，成为常年有溪流存在的岛屿。福田红树林区域则有深圳河以及注入河口湾的一些小河，年径流量达2.043亿立方米。

内伶仃岛—福田自然保护区的内伶仃岛区域是以保护珍稀濒危物种及其栖息环境为主，福田红树林区域则主要保护红树林和鸟类及其生存栖息环境。据调查统计，内伶仃岛内有苔藓植物19科34属61种，共有野生维管束植物133科379属569种，其中蕨类植物26科37属56种，裸子植物4科5属5种，被子植物103科337属508种。福田红树林区域自然分布生长的真红树植物有4科5属5种，半红树植物有6科6属7种。内伶仃岛区域野生动物有兽类19种，鸟类113种，两栖动物有10个种或亚种，爬行动物有26个种或亚种，昆虫有447种。岛上有国家一级重点保护动物穿山甲，国家二级重点保护野生动物猕猴、虎纹蛙、水獭等。福田红树林区域有鸟类18目45科107属189种，底栖动物7门9纲47科66属86种，两栖动物8种，爬行动物23种，哺乳动物15种，昆虫有10目59科96种。