湖南九嶷山国家级自然保护区位于湖南省宁远县南部，地理坐标为东经111°54′19″～112°03′25″，北纬25°12′34″～25°18′34″，总面积10236公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积3825公顷，缓冲区面积3019公顷，实验区面积3392公顷。九嶷山保护区始建于1982年，2013年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

九嶷山自然保护区地处南岭山脉萌渚岭北麓，北部为石灰岩低山，峰林和岩溶地貌发育，南部为花岗岩中山地貌，主山脊线呈北东—南西走向，山势雄伟，谷深坡陡，切割强烈。保护区地势南高北低，从南向北沿剥夷面呈多级阶梯逐渐倾斜，区内海拔1500米以上的山峰有32座，最高峰畚箕窝1959.2米。保护区属中亚热带季风湿润气候区，气候温和，冬暖夏凉，雨量充沛，干湿季节交替明显。发源于三分石北麓的母江河、牛头江从南向北流经保护区，是萧水支流九嶷河的源头，系湘江水系。

九嶷山自然保护区以南岭山地萌渚岭北坡大面积原生型的典型中亚热带常绿阔叶林生态系统和珍稀物种栖息地为主要保护对象。据科考调查统计，保护区内已发现大型真菌28科48属84种，维管束植物共214科905属1910种（含种下单位），其中蕨类植物32科80属168种，裸子植物6科16属22种，被子植物176科809属1720种。国家一级重点保护野生植物有南方红豆杉，国家二级重点保护野生植物有钟萼木、报春苣苔、金毛狗、华南五针松、白豆杉、福建柏等。保护区内昆虫共有1206种，分别隶属17目160科875属；脊椎动物共有32目83科245种，其中鱼纲4目10科23属27种，两栖纲2目7科18属27种，爬行纲3目9科33属45种，鸟纲15目41科92属120种，哺乳纲8目16科23属26种。国家一级重点保护野生动物有林麝、穿山甲、小灵猫，国家二级重点保护野生动物有藏酋猴、猕猴、水鹿、虎纹蛙、赤腹鹰、松雀鹰、红腹角雉等。