福建漳江口红树林国家级自然保护区位于福建省南部的云霄县境内，以漳江口为主体。保护区地理坐标为东经117°24′07″～117°30′00″，北纬23°53′45″～23°56′00″，总面积2360公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积700公顷，缓冲区面积460公顷，实验区面积1200公顷。漳江口红树林保护区始建于1992年，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

漳江口红树林自然保护区所在的云霄县境内山脉系博平岭山系向东南延伸的支脉，整个地势自西北向东南表现出明显的阶梯状降落，东、北、西三面高，中部及南部地势平坦开阔，构成了向东南开口的马蹄形的地貌。漳江口下游河口地带母质为第四纪残积物质和沉积物质，由古老冲积物、近代河流冲积、海积和风积形成。漳江为云霄县的主要河流，全长58千米，流域面积855平方公里。保护区属亚热带海洋性季风气候区，气候温暖湿润，光、热、水资源丰富。

漳江口红树林自然保护区是以红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海水产种质资源为主要保护对象。现已初步查明维管束植物种类共80科185属224种，其中红树植物5科6属6种，盐沼植物16科27属29种1变种，滨海植物59科152属3变种1亚种。保护区内共有野生动物23目63科218种，其中哺乳纲4目9科14种，鸟类15目38科154种，爬行类3目11科37种，两栖类1目5科13种。国家一级重点保护野生动物有中华白海豚、黄嘴白鹭等3种，国家二级重点保护野生动物有伪虎鲸、印太江豚等18种。