福建君子峰国家级自然保护区地处福建省中西部的明溪县，位于武夷山脉中段东坡余脉。保护区地理坐标为东经116°47′21″～117°31′22″，北纬26°19′03″～26°39′18″，总面积18060.5公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积7497.6公顷，缓冲区面积4035.8公顷，实验区面积6527.1公顷。君子峰保护区始建于1995年，2008年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

君子峰自然保护区地貌以中低山为主，海拔为270～1561米。西部呈东西向长蛇状山脉延绵在明溪西北部边界，东部均峰山部分则呈东北—西南向斜插在明溪东南角。保护区属亚热带海洋性季风气候区，四季分明，日照充足，气候湿润，雨量充沛，多年平均气温18.0℃。明溪县境内所有溪流均属于闽江流域，分属金溪和沙溪两大水系。保护区内水系发育，主要河流有夏坊溪、苎畲溪、城岚溪、夏阳溪四条，前三条注入金溪水系，后一条注入沙溪水系。

君子峰自然保护区主要保护对象包括中亚热带基带原生性常绿阔叶林森林生态系统、天然药用植物种质资源、具有重要材用树种种质资源、丰富的昆虫资源和濒危动植物物种及丰富的生物多样性。保护区内已知有维管束植物115目219科1692种，其中蕨类植物6目39科180种，裸子植物2目7科14种，被子植物107目173科1498种。国家一级重点保护野生植物有南方红豆杉等，国家二级重点保护野生植物有金毛狗、福建柏、香榧等21种。保护区内共有脊椎动物34目100科384种，其中鱼类5目13科49种，两栖类2目7科26种，爬行类3目12科63种，鸟类17目47科197种，兽类8目21科49种。昆虫资源有33目300科2412种。国家一级重点保护野生动物有黄腹角雉、白颈长尾雉、豹等，国家二级重点保护野生动物有花鳗鲡、虎纹蛙、蟒蛇等34种。