安徽扬子鳄国家级自然保护区位于安徽省宣城市宣州、郎溪、广德、泾县及芜湖市南陵等5区、县境内，地理坐标为东经118°21′18″～119°27′55″，北纬30°37′54″～31°04′12″，总面积18565公顷，属野生动物类型自然保护区，其中核心区面积5188公顷，缓冲区面积2506公顷，实验区面积10871公顷。扬子鳄保护区始建于1982年，1986年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

扬子鳄自然保护区位于皖南低山丘陵区与长江下游平原的结合部，地势南高北低，地貌类型复杂多样，主体地貌是由黄山余脉及天目山脉延伸而成的低山、丘陵和岗地。保护区地处亚热带北缘湿润季风气候区，气候特点是四季分明、气候温和、雨量适中、日照充足、无霜期长、偏东风多。保护区境内水资源十分丰富，漳河、水阳江、青弋江三大河流及其多条支流与水库、沼泽、沟塘相连，为扬子鳄提供了重要的栖息环境。

扬子鳄自然保护区以扬子鳄及其栖息地为主要保护对象。据统计，保护区内已知有高等维管束植物150科480属776种，其中蕨类植物 20科27属28种，裸子植物5科9属12种，被子植物125科444属736种。国家一级重点保护野生植物有水杉、银杏2种，国家二级重点保护野生植物有野菱、莲等。保护区内已知有野生脊椎动物5纲34目86科 340种，其中鱼类5目14科54种，两栖类2目7科24种，爬行类4目10科50种，鸟类16目41科176种，兽类7目14科36种。国家一级重点保护野生动物有扬子鳄、云豹、黑麂、梅花鹿4种，国家二级重点保护野生动物有虎纹蛙、鸳鸯、白鹇等26种。