吉林松花江三湖国家级自然保护区位于吉林省东南部，吉林市与白山市境内的四县（市）。保护区地理坐标为东经126°51′40″～127°45′21″，北纬42°20′10″～43°33′06″，总面积115253.2公顷，属森林生态系统类型自然保护区。其中核心区面积37686公顷，缓冲区面积40263.7公顷，实验区面积为37303.5公顷。松花江三湖保护区建立于1990年，2009年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
松花江三湖保护区属长白山区，位于松花江上游的河源区，区内有白山湖、红石湖和松花湖三座人工湖，是松花江中下游地区生产、生活、生态用水的主要水源。同时，保护区也是我国内陆水鸟迁徙通道上的重要驿站，是我国东北长白山地区国际保护候鸟的主要栖息地之一。保护区属温带大陆性季风气候，其特点是四季分明，降水充沛而日照略显不足，春夏两季多为西南风，秋冬两季盛行西北风。
松花江三湖保护区以保护松花江上游水源涵养区和珍稀濒危鸟类的重要栖息地为主。据调查统计，保护区内共有野生植物63目160科526属1489种，其中地衣1目17科27属57种；苔藓植物11目24科35属50种；蕨类8目20科35属81种；裸子植物1目3科7属11种；被子植物42目96科422属1290种。国家一级重点保护野生植物有东北红豆杉；国家二级重点保护野生植物有红松、水曲柳、野大豆、紫椴等9种。保护区有脊椎动物35目93科403种，其中兽类6目17科50种；鸟类17目51科255种；两栖类2目6科13种；爬行类3目4科11种；鱼类6目14科71种；圆口类1目1科3种。国家一级重点保护野生动物有金雕、东方白鹳、中华秋沙鸭、紫貂等9种；国家二级重点保护野生动物有雀鹰、大鵟、黑熊、猞猁、马鹿等44种。