内蒙古古日格斯台国家级自然保护区地处大兴安岭南部山地余脉的北麓，位于内蒙古自治区锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗境内，距西乌旗政府所在地巴拉嘎尔高勒镇东南约55公里。保护区地理坐标为东经118°03′45″～118°48′36″，北纬44°18′21″～44°34′52″，总面积98931公顷，属森林生态系统类型自然保护区。其中核心区面积43919公顷，缓冲区面积15883公顷，实验区面积为39129公顷。古日格斯台保护区建立于1998年，2012年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
古日格斯台国家级自然保护区是以保护区境内的“古日格斯台山”蒙语命名，汉译为“有狍子的山”的意思，该山海拔为1957m，是锡林郭勒盟最高的山。山体东南高，西北低，平均海拔1000～1500m，相对高差为100～300m，坡度在10°～20°之间。保护区属温带半干旱大陆性季风气候区，春季干旱，多大风，蒸发量大；夏季雨热同季，降水集中；秋季短促，气温下降快，秋霜降临早；冬季漫长而寒冷。
古日格斯台自然保护区是我国大兴安岭南部山地北麓保存较为完整的山地森林、草原、湿地生态系统，保护区境内生物类型多样，物种丰富，是内蒙古自治区重要的物种资源库。保护区内生物类型多样，动植物物种丰富，据调查统计，保护区内共有维管束植物94科330属654种6变种；其中国家二级重点保护野生植物有4种，即野大豆、草苁蓉、沙芦草、内蒙古大麦草；国家重点保护野生药用植物有6种，即甘草、秦艽、达乌里龙胆、防风、黄芩、远志。保护区内有脊椎动物66科223种；其中国家一级重点保护野生动物有黑鹤、大鸨、金雕、丹顶鹤等4种，国家二级重点保护野生动物有黑琴鸡、鸿雁、大天鹅、灰鹤、大雁、燕隼、青羊、马鹿、雪兔、狼、草原雕、猞猁等29种。自然保护区还有昆虫12目91科218种，优势类群为鳞翅目、鞘翅目、双翅目、半翅目。