重庆大巴山国家级自然保护区位于重庆市东北端的城口县境内，地处大巴山南麓。保护区地理坐标为东经108°32′24″～109°16′40″，北纬31°37′27″～32°10′48″，总面积115750公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积36013.8公顷，缓冲区面积24171.3公顷，实验区面积55564.9公顷。2000年重庆市人民政府批准重庆大巴山自然保护区为省级自然保护区，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
大巴山自然保护区地处大巴山弧形褶皱带，地质构造多复式背（向）斜和穹窿构造。地貌有低山河谷、中山和峰丛台地三种类型，其中中山和峰丛台地为区内主要地貌类型，占总面积的80%以上。境内最高点光头山，海拔2685.7米，最低点海拔754米，相对高差达1931.7米，整体地势南东偏高，北西偏低。保护区属于亚热带温湿气候，同时具有山区立体气候特征，主要气候特点是：气候温和，雨量充沛，日照较足，四季分明，冬长夏短。保护区地表水主要靠降水补给，水资源十分丰富，区内所有河流都属长江水系，两条主要河流分别是汉江流域的任河和嘉陵江流域的前河。保护区内地下水有孔隙水、变质岩裂隙水和碳酸盐岩裂隙溶洞水三大类型，主要靠接受大气降水补给。
大巴山自然保护区主要保护中亚热带森林生态系统及其生物多样性、以崖柏为代表的稀有珍贵树种群落和豹等濒危动植物及其栖息地。据科考数据统计，保护区有维管束植物210科1247属3481种，其中蕨类植物39科93属342种，裸子植物9科24属52种，被子植物162科1158属3087种。国家一级重点保护野生植物有崖柏、珙桐、光叶珙桐、红豆杉、南方红豆杉、银杏，国家二级重点保护野生植物有独叶草、篦子三尖杉、秦岭冷杉、大果青扦等。保护区内现已知野生动物共有150科706种，其中兽类9目23科53属65种，鸟类14目35科106属183种，两栖类2目4科10属12种，爬行类2目6科12属18种，鱼类12科50种，昆虫70科378种。国家一级重点保护野生动物有豹、云豹、林麝、金雕、白冠长尾雉等，国家二级重点保护野生动物有红腹角雉、红腹锦鸡、大鲵、中华虎凤蝶等。