上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区位于长江口最大的沙岛-崇明岛的最东端，呈仿半椭圆形，与上海市区隔江相望。保护区地理坐标为东经121°50′～122°05′，北纬31°25′～31°38′，总面积24155公顷，属野生动物类型自然保护区。其中核心区面积18376公顷，缓冲区面积1007公顷，实验区面积4772公顷。上海崇明东滩鸟类保护区建立于1998年，2005年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
崇明东滩鸟类自然保护区属于潮滩地貌单位，由潮上带、中潮滩、低潮滩和潮下带组成，潮滩区分布有大大小小众多发育良好的潮沟。保护区属海洋性季风气候，且处在长江口和东海水体的包围之中，水体热容量大，对区内气温有良好的调节作用，气候特点表现为：温和湿润，四季分明，夏季湿热，盛行东南风；冬季干燥，盛行偏北风。保护区处于中等潮汐河口，属非正规半日潮型，每日潮滩有昼夜两次的潮汐变化。地下水则受降水量影响，升降变幅较大。
崇明东滩鸟类自然保护区主要保护以鸻鹬类、雁鸭类、鹭类、鸥类、鹤类5类鸟类类群作为代表性物种的迁徙鸟类及其赖以生存的河口湿地生态系统。据调查统计，保护区内有兽类10种、鸟类300种、鱼类94种、两栖爬行类16种、昆虫103种、底栖动物106种，浮游动物127种。国家一级重点保护野生动物有江豚、白鱀豚、中华鲟、东方白鹳、黑鹳、白尾海雕、白头鹤共7种，国家二级重点保护动物有小天鹅、鸳鸯等36种。保护区内高等植物组成非常简单，共有高等植物4科10属12种，主要包括海三棱藨草、芦苇、互花米草等，未发现国家重点保护野生植物。