新疆巴尔鲁克山国家级自然保护区位于新疆维吾尔自治区西北部，地跨塔城市裕民和托里两县，由两块独立的分区组成，分别为：巴尔鲁克山林场分区和西野巴旦杏分区。保护区地理坐标范围为东经82°26′～83°13′，北纬45°42′～46°03′，总面积115037.3公顷，属森林生态系统类型自然保护区，其中核心区面积43469.3公顷，缓冲区面积38671.5公顷，实验区面积32896.5公顷。保护区前身为1980年建立的新疆野巴旦杏林自然保护区，2014年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

巴尔鲁克山是准噶尔西部山地的一部分，呈中高山型，山体呈东北—西南走向，山体东高西低，有海拔在1000～3252米之间的大小山体共310座。保护区地处内陆深处，属中温带大陆性干旱气候，冬夏长，春秋短，气候相对干燥，年均降水量320毫米。巴尔鲁克山是裕民县和托里县境内主要河流的发源地，河流按地形和流向可分为西部水系和北部水系，西部低山丘陵与牧场草原地带系山间低谷河流系统，汇成塔斯特河、铁列克提河、察汗托海河等8条主流。北部水系流入洪积平原灌溉区，沟溪纵横交错，有哈拉布拉河、白布谢、江格斯河等5条河流。

巴尔鲁克山自然保护区主要保护对象是以雪岭云杉林、新疆野苹果林和野巴旦杏林为主的森林生态系统，雪豹、大鸨、黑鹳等珍稀濒危野生动物以及新疆野苹果、新疆郁金香等种质资源。据调查统计，保护区有被子植物70科435属1140种，裸子植物3科4属7种，蕨类植物7科10属16种，苔藓植物29科51属81种。国家二级重点保护野生植物有新疆野苹果等。保护区内动物资源丰富，有兽类5目18科41属59种，鸟类有16目42科149种，爬行类7种，两栖类2种。昆虫有92科585种。国家一级重点保护野生动物有雪豹、金雕、大鸨、黑鹳等，国家二级重点保护野生动物有马鹿、鹅喉羚、棕熊等。