新疆阿勒泰科克苏湿地国家级自然保护区位于新疆维吾尔自治区阿勒泰市西南部荒漠平原区。保护区地理坐标为东经87°09′12″～87°34′59″，北纬47°28′31″～47°40′09″，总面积30667公顷，属湿地生态系统类型自然保护区，其中核心区面积10648公顷，缓冲区面积9719公顷，实验区面积10300公顷。保护区始建于2001年，2017年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。

阿勒泰科克苏湿地自然保护区范围内地势较为平坦，起伏不大，海拔范围处于476～496米之间。地貌类型由克兰河、切木尔切克河、阿拉哈克河的冲积扇、额尔齐斯河谷地平原和山前荒漠带组成，沼泽区一般多由河谷改道或低洼地段蓄水形成，多为草甸沼泽区，当地下水水位下降时，则为盐化草甸地貌，局部为风蚀河丘地貌。保护区地处欧亚大陆中心腹地，远离海洋，受古尔班通古特沙漠的影响，降水少，蒸发量大，夏季干热且短暂，昼夜温差大，常有干热风侵袭，冬季寒冷且漫长，冬春多风。保护区受盆地荒漠气候的影响和周围高山的阻隔，水汽进入困难，降雨稀少，年均降水112.6毫米，蒸发潜量2000毫米左右。流经科克苏湿地的河流主要有由东向西穿越而过的额尔齐斯河主河道以及从北向南汇入额尔齐斯河的支流克兰河。该地区河流具有明显的春汛特点，全年水量集中在5～6月。

阿勒泰科克苏湿地自然保护区主要保护对象为黑鹳、大天鹅、大鸨等野生动物种群，雪白睡莲、额河菱角、额河杨等野生植物种群及其荒漠湿地生境所形成的生态系统。据调查统计，保护区有维管束植物65科259属551种（包括6亚种6变种），其中蕨类植物3科3属8种，裸子植物1科1属5种，被子植物61科255属538种（包括6亚种6变种）。国家二级重点保护野生植物有额河杨、雪白睡莲等。保护区内共有野生脊椎动物254种，其中鱼类22种，两栖爬行动物13种，鸟类183种，兽类36种。国家一级重点保护野生动物有紫貂、黑鹳、大鸨、玉带海雕等，国家二级重点保护野生动物有细鳞鲑、大天鹅、蓑羽鹤等。